1966年開(kāi)始的文化大革命，使哈工大正常教學(xué)科研秩序受到嚴重破壞。

1970年春，根據上級指示，哈工大少數人員與絕大部分物資南遷重慶，與哈軍工二系合并成立重慶工業(yè)大學(xué)；留哈部分與黑龍江工學(xué)院、哈爾濱電工學(xué)院合并組成新的哈爾濱工業(yè)大學(xué)。1973年8月國務(wù)院、中央軍委決定重慶工大北返，恢復原哈工大。幾經(jīng)折騰，學(xué)校遭到嚴重破壞。